Gården nevnes første gang i biskop Eysteins jordebok på 1300-tallet. Stovner var eiet av Hovedøya kloster frem til reformasjonen. Siden var gården eiet av kronen (danskekongen) og kappelanen i Oslo.
Fra år 1620 begynte kronen å pantsette krongods, og dette fortsatte under krigen i årene 1644-1645. Men en del av pantsettelsene ble innløst av kronen igjen i årene som fulgte. Først etter innføring av eneveldet i år 1660 begynte kronen for alvor å selge unna sine eiendommer. Og fra 1662 ble det solgt mange gårder i Øste Aker, ofte til folk som da allerede hadde panterettigheter i gårdene, en av de største kjøperne av Akergårder var borgermesteren i Christiania, Nils Lauritssøn.
Kjøp av gårdene i Østre Aker ble av byens borgere betraktet som en god investering, og Nils Lauritssøn kjøpte da i årene 1659-1663 flere av gårdene på Stovner. I år 1662 bl.a. Stovner, Fossum, Tokerud og Bonkall. Senere ble disse gårdene overtatt av Nils Lauritssøns steddatter og svigersønn rådmann Roll.
Stovnergårdene solgte rådmann Roll til slekten Stovner i år 1695. Det ble foretatt flere delinger og sammenslåinger opp gjennom tidene, og i siste fase rundt 1800-tallet fremstår Stovnergården som hovedsakelig oppdelt i fem bruk, med 150 mål innmark og 400 mål skog til hvert bruk.
Stovner gjestgiveri.
Når Stovner gården som jo lå langs oldtidsveien som passerte gården, begynte å være et sted for de veifarende å ta inn for bevertning og overnatting er usikkert. Men gården er helt sikkert enda eldre enn kirkens opptegnelser av jordegods på 1300-tallet. Da svartedauden la hele bygda øde i år 1349-50 var det ikke tegn til drift før etter reformasjonen.
Fra midten av 1700-tallet ble gjestgiverier og skysstasjoner regulert av Kgl. resolusjon gitt den 5. august 1748. Stovner hadde trolig hatt slik handel lenge, men i år 1759 ble gården gitt bevilling som skysstasjon og gjestgiveri. Skysskafferen da var Christopher Toressøn Stovner som hadde giftet seg i år 1750 med Anne Christensdatter som var enke på gården. Christopher Toressøn Stovner rakk ikke å drive gården lenge for han døde allerede året 1765, og Anne Christensdatter ble enke igjen.
Stovner Nedre, Harald Stovner. Gnr 102 Bnr 1 /2.
Stovner Nedre ble fradelt i år 1750. Denne gården lå der Haugenstua og Smedstua skoler ligger i dag. . Siste eier var Harald Stovner. Gården ble revet i år 1971. Gården var en av de to siste Stovner gårdene som drev jordbruk frem til utbyggingen, med melkeproduksjon og korndyrking.
Stovner Nedre, Mauritzen. Gnr 102 Bnr 3 / 6.
Gården lå til Haugenstuveien der Smiuveien 71 har bygninger i dag. Ble revet i år 1969, en liten rest av låven står fortsatt igjen. Siste eier var Kåre Mauritzen. Gården var en av de to siste Stovner gårdene som drev jordbruk frem til utbyggingen. Hadde en stor besetning av griser, men drev også med melkeproduksjon og korndyrking.
Stovner Øvre, Zachariassen. Gnr 102 Bnr 11.
Gården ble fradelt i år 1824. Våningshuset brant i år 1921. Det ble bygget et nytt hus på grunnmuren, som i dag har adresse til Stovnerfaret 78. Våningshuset eksisterer i dag, men er bygget om vesentlig. Solgte tidlig tomter på gamle Stovner, drev derfor ikke med jordbruk i vanlig forstand etter år 1900.
Stovner Østre, Skaugen. Gnr 102 Bnr 7 /12.
Gården lå ved krysset Stovnerbakken og Fjellstuveien på andre siden av velhuset. Gården ble fradelt i år 1798, og ble revet i år 1964. Solgte tidlig tomter på gamle Stovner. Drev derfor ikke med jordbruk i vanlig forstand etter år 1900. O. Skaugen var eier fra år 1912 til 1942.
Jylsberg Gnr 102 Bnr 5 /13.
Jylsberg var en plass under Stovner som lå til Haugenstuveien ved veidelet for veien til Stig gård, men ble tidlig utskilt som egen eiendom. I dag ligger Haugenstua trygdebolig i Ole Brums vei, og Smedvollen borettslag på området, det ble drevet gartneri på stedet frem til år 1965. Våningshus i en etasje. Plassen het tidligere Dalen på gamle kart.
