Gården ble utskilt fra Haugen ved skjøte av 28. juli 1723, hvor en femtedel av eiendommen Haugen senere fikk eget matrikkelnummer. Gården har gjennom tiden hatt mange eiere, siste eier fra 17. april 1942 var August og Torbjørn Wallerud.
Gården har navn etter Peder Olssøn Haugenstuen, som eide gården fra år 1749 til 1799. Gårdens bygninger lå på sørsiden av jernbanen ca 200 meter vest for Haugenstua jernbanestasjon.
En stor del av eiendommen lå på nordsiden av jernbanen der Haugenstua senter ligger i dag og med Stovnerbekken (Østre Aker vei) som grense i nord mot Fossum.