Bispegodset ble lagt under kronen.

Etter reformasjonen fjernet kongen hensynsløst alt som smakte av bispemakt, og inntok posisjonen som øverste leder for kirken i Danmark-Norge. Slik ble statskirkeordningen etablert. Verdslig makt og kirke skulle smeltes sammen. 

Bispegodset ble lagt under kronen, og alle inntektene det gav, tilfalt staten. De nye åndelige lederne for kirken skulle ikke lenger kalles biskoper, men superintendenter, og ordet bispedømme ble erstattet med stift.

Superintendentene fikk sin myndighet fra kongen, ikke fra paven. Dette ble symbolisert ved at de til forskjell fra de katolske biskopene ikke skulle bruke slike verdighetstegn som bispestav og bispelue.

Kongen og kretsen rundt ham reagerte også kvast mot klostervesenet fordi det var så sterkt knyttet til pavekirken. Klostrene ble avskaffet som institusjoner og satt under verdslig styre. Inntektene av deres eiendommer ble overført til kongen.

I spørsmålet om tro, lære og seremonier gikk kongen derimot forsiktig fram i de første årene etter 1536. De gamle prestene kunne fortsette i sine stillinger. Tiden skulle tas til hjelp for å gi folk bedre "Forstandt udi Guds Ord".

Endringene i Norge i 1536 og 1537 var et resultat av politiske og religiøse stridigheter som i hovedsak ble utkjempet på dansk jord. Kongen gav den jevne nordmann tid til å innrette seg etter Luthers lære og krevde ingen streng disiplin i trosspørsmål i de første tiårene. Men når det gjaldt kongens økonomiske og politiske mål med reformasjonen, ble vidtrekkende tiltak satt raskt i gang.

Før reformasjonen var kirken den suverent største jordegodseieren i Norge. Nesten 40 prosent av all jord tilhørte kirken. Nå overtok kongen storparten av dette godset og inntektene gikk i kongens kasse, ikke lenger i kirkens.

Jordegodsinntektene kom inn i form av mel eller malt, smør, salt, huder og trelast. Noe kom også inn som mynt. De store tilførslene av varer hadde i middelalderen ført til at bispegårdene ble økonomiske sentre, der det foregikk kjøp og salg av varer og tjenester. Etter reformasjonen kom disse inntektene i hendene på kongens menn, lensherrene.

  Hamars skjebne illustrerer hvor viktig tilførslene til biskopen var for dem som bodde i byen. Da Hamar bispedømme ble lagt inn under Oslo, havnet jordgodsinntektene hos lensherren på Akershus festning. Dermed mistet Hamar sin funksjon som markedsplass for de kirkelige institusjonene og tapte sitt eksistensgrunnlag som by.

Reformasjonen førte altså til økonomisk tilbakegang for byene: Kirkene forfalt på grunn av manglende midler til vedlikehold. Klostrene ble nedlagt, og munker og nonner forsvant fra bybildet. Tallet på prester gikk ned. Dermed mistet handelsmenn og håndverkere mye av grunnlaget for sin næringsvirksomhet. Folk flyttet fra byen for å finne seg levebrød andre steder. Hus ble stående tomme og forfalt, og ledige tomter forble ubebygd.

I 1555 fastsatte myndighetene i København en rekke bestemmelser som gjaldt kirkens ritualer. Prestene skulle ikke lenger lese fra de gamle og "falske" prekenbøkene, men holde seg til dem som var tillatt i bruk. Det måtte bli slutt på at folk falt på kne foran "hellige" bilder i kirken. Slike bilder skulle kirkevergene fjerne, men de måtte gå fram lempelig. Senere kom det også bestemmelser som skulle hindre folk i å reise til "hellige" steder for å bli kurert for sykdommer og plager.

Styresmaktene grep altså inn overfor folkelige forestillinger som de anså som katolske. Alt som minnet om den gamle troen, skulle rykkes opp med roten. De som sympatiserte med katolisismen eller holdt fast ved noe som minnet om den, ble skjelt ut for "papisme". Dette uttrykket inneholdt en alvorlig anklage om at vedkommende heller sluttet opp om paven (papa) enn om den dansk-norske kongen.

Myndighetenes frykt for katolisismen avtok utover 1600-tallet. Blant annet ble det tillatt fri religionsutøvelse for katolske utlendinger som kunne gjøre stor nytte for seg i Danmark-Norge. Dette er et uttrykk for at den lutherske troen hadde fått grep om hele befolkning.

Superintendentene (biskopene) ledet kirken innenfor sitt stift og førte an i striden for den lutherske troen. De ble hovedsakelig rekruttert fra Danmark. I årene mellom 1537 og 1640 ble det utnevnt 24 superintendenter i Norge. Bare fem var norskfødte. Kirkens ledelse ble derfor talsmenn for dansk innflytelse i Norge. Blant de menige prestene var det flere norskfødte. Men også de ble formidlere av dansk kultur, fordi de hadde studert i København.

Ikke bare i Norge, men overalt ellers la den lutherske læren stor vekt på at den kristne skulle forstå og ha et personlig forhold til Det hellige ord. Presten skulle holde sine prekener og kommentere bibeltekstene på menighetens eget språk. Det ble slutt med de latinske messene, og kirkelyden kunne ta del i salmesang på sitt eget morsmål. Derfor ble det gitt ut prekensamlinger og salmebøker på det hjemlige språket.

I Tyskland, Danmark og Sverige kom reformasjonen derfor til å styrke befolkningens egen skriftkultur. I Norge var det motsatt. Dansk var såpass likt norsk at det kunne forstås og brukes i forkynnelsen. Bibelen og tyske salmer ble presentert for nordmennene gjennom danske oversettelser, og danske salmediktere ble flittig brukt under gudstjenestene. Dette førte til at den danske innflytelsen på norsk språk og kultur ble stadig sterkere.

Den gamle norske skrifttradisjonen var blitt sterkt svekket i senmiddelalderen. På 1500-tallet var administrasjonsspråket dansk. Offentlige brev, lover og forordninger ble skrevet på dette språket. Utbyggingen av byadministrasjonen foregikk etter dansk mønster, og det ble brukt danske enheter for mål og vekt.