Hos fogden ble han forhørt og lagt i jern. Han fikk sendt et brev til sine venner, før han ble ført under streng bevoktning til Christiania. Han ble først satt i fyllearresten i rådhuskjelleren, et fryktelig rom med jordgulv og slikt tilsig av vann at fanger til og med skal ha druknet der. Etter en stund ble han flyttet til et annet arrestlokale som ennå er å se på Bygdøy folkemuseum. Her hadde han et lite og dårlig rom som ble hans tilholdssted i mange år. Folk fikk streng beskjed om å levere inn Hans sine skrifter.
Fengselstiden ble beinhard for Hans, og han slet med seg selv og troen sin. En dag så Hans to menn komme mot fengselsbygningen fra det lille vinduet hans. Et øyeblikk etter fikk han besøk. Det var broren Mikkel, og stiftsamtmannen. Mikkel snakket med Hans om ikke han kunne søke om benåding. Han hadde sittet i fengsel i ca. et år, og hadde viet mye av sitt liv til Gud. Var ikke dette nok? spurte han. 10. Oktober 1805 søkte Hauge om benåding, men den ble avvist. De to første årene av fengselstiden ble de verste. På hele det første året kom han bare tre ganger ut i frisk luft, og dertil kom uvirksomheten som brøt ned.
To år tok det før han fikk lov til å skrive og lese bøker igjen. De voldsomme påkjenningene knekket helsa hans. Han ble kjent med vaktmester Mikkelsen i fengselet. Mikkelsen kom innom hver uke, med bøker, garn, aviser og mat. Hans strikket mye i fengselet, og fikk bestillinger på vanter fra byens fineste fruer. En dag fikk han besøk av vennen Jon Sørbrøden. Han hilste fra Hauge, og de to diskuterte dype saker. Hans var inne i sitt fjerde fengselsår, og hadde vært igjennom 22 forhør. Over 600 vitner var blitt spurt ut i saken hans, men det virket som om ingenting skjedde. Lederne i Norge slet også på denne tiden. De var i krig med Sverige og England, to giganter på Europa-kartet, så de hadde det ikke så greit de heller.
Mye av handelen til Norge ble derfor stengt, og landet manglet salt. Da tipset Mikkel, Hans om at han kunne tilby myndighetene sin hjelp. Det gjorde Hans og han fikk 300 riksdaler til å hjelpe Norge med. Han var ennå ikke en fri mann, men fikk komme seg ut til vennene. Vennene merket at Hans var forandret. Han holdt ikke møter, og brukte søndagen som reisedag. Han unnskyldte seg med at når folk sultet var det ingen tid å miste, men egentlig var Hans blitt forandret. Han slet med motivasjonen.
Gløden var i ferd med å slukne. Han fikk startet sju saltkokerier før han sju måneder senere ble satt i fengsel igjen. Nye forhør ble satt i gang, og nye vitner ble avhørt. Han ba om å få besøkt foreldrene i julen, og han ble glad da han fikk lov å dra på besøk i 14 dager. En dag på Hauge gikk han ned mot vannet, og der så han stubben der det hele begynte, der han fikk sitt kall. Han la seg ned ved stubben og ba. Så kom dagen da han igjen måtte tilbake til Christiania. Folk så ikke lenger på ham som en kjeltring, og han slapp lenkene.
I Christiania slapp han fengsel, og fikk bo hos bypresident Bull. Der holdt han møter med vennene, og leste fra bibelen. En dag mens han talte fikk han igjen et kall. Han avsluttet talen med: "Vi må aldri glemme at tilgivelse for synder er det viktigste vi har å lære menneskene" Nå kjente vennene ham igjen.
Hans var tilbake i fengselet da Mikkelsen en dag kom inn med en godbit. Han var i gått humør, og sa at dette gikk nok bra til slutt. Hans forstod at det foregikk noe. Noen dager senere var Mikkelsen i kjempehumør. Han sa til Hans at vennene, med hans bror Mikkel i spissen, hadde kjøpt Bakke gård til ham for 10500 riksdaler, og at Hans kunne flytte dit og drive jordbruk som i gamle dager. Han flyttet dit og bygget ei mølle. Mange mente det var galskap å anlegge mølle uten et skikkelig vannfall, men da uåret kom i 1812, fikk man likevel mel og poteter på Bakke.
Møter ble holdt i all hemmelighet på gården, med vaktpost. 4. desember 1813, fikk Hans beskjed om å møte i Christiania igjen. Dommen falt og Hans måtte gjøre to års slavearbeid, og betale 1750 riksdaler. Hans anket dommen til en høyere rett, og fikk en mye mildere dom på, 1000 riksdaler, og ingenting slavearbeid. Han sendte straks brev til sine venner og fortalte om den gode nyheten.