Selv om det Norske riksrådet nå kunne styre mer i Norge, så kunne de allikevel ikke gjøre så mye med Tyskerne sitt handelsherredømme i Norge, som ble kalt for hanseatene. Men riksrådet fikk Nederlenderne til å komme til Norge, slik at de kunne konkurrere med Tyskerne. Og riksrådet ville senere ha mer makt og derfor lagte de litt uro i Norge. På grunn av dette sendte Kong Hans sønnen sin, Christian II, opp til Norge i år 1506, for å roe ned det Norske riksrådet.
Kong Hans hadde også andre problemer i Norge i løpet av sin regjeringstid, som han måtte å ordne opp i. I år 1496 slo bøndene på Sunnmøre i hjel riksråden og lensherren Arild Kane og flere av hans venner på selve tinget. I år 1497 ble en av Knut Alvssons futer, Lasse Skiold, slått i hjel på Romerike. Dette drapet av futen kom meget ubeleilig for kongen, siden han selv, hans lensherrer og de to rikenes våpenmakt på dette tidspunkt var dypt engasjert i erobringen av Sverige.
Så snart nyheten kom til kongen, skrev han derfor straks et brev til de lokale myndighetene hvor han beroliget dem og lovet å komme til Norge for skaffe dem lov og rett. Det endelige vedtak om kongebesøket ble fattet på et dansknorsk riksrådsmøte i København i begynnelsen av år 1498. Kongen skulle på en planlagt reise til Sverige og kunne derfor reise innom Båhus på vei til Sverige.
Bøndene var kraftig opprørt. De mente å ha blitt utsatt for alvorlige overgrep i lengre tid. Noen måneder etter drapet på Lasse Skiold skrev de lokale myndighetene i søndre delen av Gudbrandsdalen i Akershus len til kongen, takket for brevet hans, og klaget sin store nød.
De fortalte at blant futene i deres område var det noen utenlandske menn som kjente landets lover ganske dårlig. Andre futer tok ikke hensyn til de fattige og forlangte mer skatt av dem, selv om de fattige ikke hadde noe særlig av verdier. På den måten ble de fattige enda mer fattige.
Det burde ikke være slikt, mente de lokale myndighetene, at en mann som ikke hadde gjort noe galt skulle betale mer enn han klarte i skatt til kongen. Det hadde også hendt at slottsherrene hadde fått gode attester av bøndene i sine områder om at de fulgte lov og rett, og at de behandlet bøndene rettferdig.
Men ikke alle bøndene var enige i at slike attester var blitt utgitt. Det var mange fattige menn i disse områdene som gjerne ville snakke med kongen om den urett som foregikk imot dem. Men mange av dem var for dårlige til å reise og derfor ba de kongen om å sende opp en dannemann, som på kongens vegne kunne hjelpe dem i all den urett som de hadde opplevd. Noen tid senere skrev også de lokale myndighetene i Eidsvoll sokn til kongen og la ut om futen Lasse Skiolds voldsferd mot dem.
Da en mann som het Sakse Hallvardsson skulle gå fram og betale sin skatt, hadde Lasse Skiold gitt ham tre harde slag med en stridshammer, så han falt om på gulvet. Da Sakse kom seg på bena igjen, hadde Lasse slått ham to ganger til med stridshammeren og hadde deretter beskyldt han for at han hadde voldtatt en pike hos dannemannen Aslak Trondsson. En annen mann, som bar navnet Per Ingemarsson, var blitt vist bort fra hjemmet sitt av Lasse og ført bort til en elv, hvor han holdt på å drukne i strømmen.
Fra en mann som het Anders Assersson hadde Lasse Skiold tatt ni lodd sølv og dessuten tvunget konen hans til å jobbe for seg, uten lov og rett. En mann, som bar navnet Olav Arnesson, hadde drukket så mye at han ble liggende på gulvet, der han sovnet. Da hadde Lasse Skiold kommet og han løftet opp Olav og kastet han ned på gulvet igjen. Olav lå lenge livløs. Om morgen kom imidlertid Olav til seg selv igjen og da måtte han gi Lasse et skippund malt og en kuhud i bot uten lov og rett.
Men selv om de lokale myndighetene hadde sendt flere brev til kongen angående slottsherrene og futene, så var allikevel bøndene forsatt ganske opprørte og de ville ha fart i sakene. I midten av desember i år 1497 så Knut Alvsson seg nødt til å be Henrik Krummedike om hjelp. Derfor sendte Knut et brev til Henrik. Han skrev at alle bøndene og de lokale myndighetene i det sønnafjelske stod i opprør og at de kom til å gå til angrep på han. Knut ba derfor Henrik om å møte seg i Borgesysla med to hundre mann.
Med forente styrker kunne de dra opp i landet for å slå ned opprøret. Men Henrik ville ikke hjelpe Knut med å løse dette problemet. Knut Alvsson hadde kort tid i forveien tatt beslag i et skip og noe gods som tilhørte Henrik, angivelig for å dekke utestående fordringer. Derfor var ikke Henrik noe særlig glad i Knut. De lokale myndighetene på Nes og Ullenhov på Romerike sendte også et ubeseglet brev til Knut, hvor de kollektivt stilte seg solidarisk med mannen som hadde drept Lasse Skiold, Engelbrekt Gunnarson. Knut viste at det var ganske kritisk nå.
Ikke lenge etterpå tok de lokale myndighetene på nytt et dramatisk initiativ. Fra Nes på Romerike og Odalen ble det sendt ut en budkalve som var brent i den ene enden og hadde en krok i den andre. Det symboliserte at de som ikke fulgte den, ville bli straffet med ild og galge. Dette kunne ha ført til et farlig opprør på Akerstinget i begynnelsen av februar i år 1498, hvor store folkemengder hadde møtt fram på grunn av budkalven.
Øvrighetspersonene som var til stede på tinget, opptrådte imidlertid rolig og diplomatisk. Og heller ikke de fremmøte hadde lyst på noe oppgjør der og da. Derfor ble tinget avviklet uten at det ble opptøyer. Trolig har kongens løfte om å komme til Norge og se på de lokale myndighetene klagemål vært viktig for utfallet på tinget.
Kong Hans kom til Båhus som lovet i slutten av november i år 1498. I mellomtiden var det blitt gjort klart til et alminnelig rettsoppgjør om det som var skjedd. Rettertinget besto av Henrik Krummedike og Jens Andersson Beidenak, som senere ble biskop i Odense i Danmark. Disse to var av kong Hans blitt delegert hans stadfestingsrett og benådingsrett. Fire lagmenn var tilkalt for å avgjøre rettsspørsmålene i nærvær av et stort antall riksråder. Man ville at rettsaken skulle gå rett for seg etter alle lover og regler, som fantes på den tiden. Selve rettsforhandlingene skulle finne sted i nærheten av festningen i Konghelle.
Saken mot Lasse Skiold drapsmenn ble først tatt opp til doms. For retten møtte Knut Alvsson og, i samsvar med kongens stevningsbrev, ni bønder i fullt ombud på de lokale myndighetenes vegne i Akershus len. Knut tok først ordet og anklaget de lokale myndighetene for å ha slått i hjel futen hans. Lasse Skiold, og siden å ha gjort opprør mot han. De ni bøndene innrømmet at dette hadde skjedd og de la frem beviser og opplysninger på hvorfor de lokale myndighetene hadde gjort dette.
De ni bøndene viste til at Lasse Skiold sine overgrep var så tydelige og graverende, at dommerne måtte ta hensyn til dette. Normalt ville et mord og tendenser til opprør bli straffet ganske hardt. Men i denne saken var det mange sider og derfor valgte dommerne å gi milde straffer. Men for noen av de fremmøtte bøndene var dette ikke aktuelt og de nektet å betale. De mente at de hadde retten på sin side.
Det hele endte med at de ble halshogget på festningen i Konghelle. De resterende bøndene og de lokale myndighetene godtok bøtene og det ble til at det var cirka 200 bønder i distriktene som måtte betale hver sin bot. Selve drapsmannen, Engelbrekt Gunnarson, slapp å møte fram på rettsforhandlingene. Bøndene beskyttet han og sørget for at han kunne reise hjem til sin familie på Trondenes i Senja, uten å måtte bli straffet for mordet på Lasse Skiold.
Selv om det ble gitt ut milde dommer, så ble allikevel dommen totalt sett meget dyr for bøndene. To måneder senere hadde bøndene betalt inn 20 mark, 2 skilling, 319,5 lodd sølv og 292 mark i kobber til kongen. Et år etter dommen var det også i tillegg kommet inn 70 mark, 20 lodd sølv og en god del kanner, kjeler og gryter av kobber og tinn. De fleste bøndene godtok de bøtene som de fikk, men det var noen som nektet å godta dem. Disse bøndene ble senere halshogget.
Da Kong Hans av Danmark dør i år 1513 blir kong Christian II konge i Danmark og i Norge. Han regjerte Danmark og Norge helt eneveldig, og noen riksrådspolitikk kan det knapt snakkes om i hans tid som Konge i Norge og i Danmark. Christian ville også sikre seg full kontroll over kirken i Norge og derfor sørget han for at Erik Valkendorf, som var kansler og prest i Roskilde, ble valgt til erkebiskop i Norge. Erik ble viet i Roma i år 1510 av pave Julius II. Erik stammet fra fra en dansk adelsfamilie og han var også en nær rådgiver av kongen.
Men Erik ønsket ikke å bli erkebiskop i Norge og han fryktet kongens politikk i forhold til kirken. Selv om kongen lovet Erik at kirkene skulle forbli urørte, så førte han allikevel en politikk på tvers av kirkens interesser. For å beskytte kirkene begynte Erik å gjøre motstand mot kongen og det endte med at Erik og kong Christian II utviklet et fiendtlig forhold, som forsterket seg i år 1517, da Christian sin elskerinne døde.
Hun bar navnet Dyveke. Kong Christian II sendte i år 1517/18 opp Jørgen Hansson og Hans Mule til Norge, slik at de to kunne utøve kongen sin politikk i Norge. Erik måtte godta at det var kongen som skulle utnevne biskoper i Norge. Via Jørgen og Hans begynte kongen å tvinge den norske kirken i kne og flere norske biskoper ble satt i fengsel.
Kirken i Norge fikk også en retterbot i år 1521. Erik ville tilslutt ikke godta dette mer og han ville derfor reise til Danmark for å legge frem sine klager for kongen. Men pågrunn av uvær så ble Erik drevet ned til Amsterdam. Tilfeldigvis var også kong Christian den andre i Amsterdam på denne tiden og han prøvde å få Erik fengslet.
Men myndighetene i Amsterdam vegret seg for å fengsle en geistlig person. Etter noen forhandlingsmøter i byen følte Erik Valkendorf seg likevel ikke trygg, og han reiste derfor til Roma i år 1521 for å legge sin sak fram for paven. Erkebiskop Erik døde i Roma i år 1522.
Kongen begynte nå å føre en politikk som var i opposisjon til både kirken og den norske adelen. I Sverige ble Christian kalt "Kristian Tyrann" og det kallenavnet fikk han ikke uten grunn. I år 1520 tok kong Christian II makten i Sverige, etter at den svenske riksforstanderen døde. Danskene hadde allerede da vært i krig med Sverige siden år 1517.
Det første året Christian II styrte Sverige sørget han for å henrette over hundre mennesker i Stockholm. Blant de drepte var det to biskoper. Men disse henrettelsene vekte avsky i Europa og i år 1521 ble det startet et stort opprør i Sverige, som ble ledet av Gustav Vasa. Tilslutt måtte kong Christian II oppgi Sverige.
Kong Christian II systematisk favoriserte borgerlige menn, og satte adelen til side både i Danmark og i Norge. De adelige likte det ikke. Det hele endte med at den Danske adelen gjorde opprør mot Kong Christian II, slik at han måtte rømme til Nederland i år 1523. Den danske adelen fikk god støtte fra hanseatene i Tyskland.
I strid med unionsavtalen valgte nå den Danske adelen på egen hånd Fredrik den første til Norsk og Dansk Konge. Kong Fredrik I var nevøen til Christian II. Kong Fredrik I tok sikte på å beherske Norge og Danmark gjennom Danske adelsmenn. I år 1523 ble Gustav Vasa utnevnt til konge i Sverige. Dette året sendte også Gustav tropper inn i Skåne og inn i Norge, for å beskytte seg mot danskene.