Konflikten gjaldt Sveriges adgang til havet og grensene i Finnmark.
Karl IX drev en aktiv politikk i Østfinnmark og krevde skatt av sjøsamene, bygde kirker og fort. Han anla Göteborg for å omgå Øresund og tollen der. Danmark var overlegne til sjøs og danskene inntok Kalmar etter harde kamper, videre Älvsborg og Göteborg I følge planen skulle de utskrevne mannskap fra Norge falle inn i Sverige, men mannskapet viste seg verken villige eller brukbare og innsatsen ble helt ubetydelig.
Ved Kringen stoppet imidlertid de norske bønder en avdeling svenske leietropper, ( Skottetoget ) ført av Oberstløytnant Alexander Ramsay, som ble tatt til fange og ført til København. Avdelingen ble på det nærmeste tilintetgjort og av ca. 350 mann overlevde bare 18. En annen avdeling ledet av oberst Munchaven dro imidlertid gjennom Stjørdalen og kom velberget inn i Härjedalen uten at dette hadde noe å si for utfallet på krigen.
Gustav II Adolf overtok styret etter sin fars død i 1611 og inntok Kristianopel ved Kalmarsund. Men da han ikke fikk hjelp av leietroppene og danske tropper marsjerte inn fra Blekinge mot Kalmar og fra Halland mot Jønkøping, og truet hans stilling, ga han opp og fred ble sluttet i Knäred 20. jan. 1613. Sverige ga opp sine krav på Finnmark og skatterett på sjøsamene, ellers ble grensene de samme. Finnmark var sikret for Norge.
Sverige måtte betale 1 million riksdaler i krigserstatning med Älvsborg som pant, videre måtte de avstå å gi privilegier til Göteborg. I Norge ble bøndene dømt til store bøter for passivitet under krigen og forordringer om et norsk land- og sjøforsvar kom etter få år.