Krigen hadde sitt utgangspunkt i Sveriges trang til åpning til havet, Danmarks lyst til å fornye Kalmarunionen, og striden om områdene ved Finskebukta. Danmarks allierte var Polen og Hanseatene i Lübeck.
Krigen startet i Østersjøen og danskene som var overlegne til sjøs, inntok og ble herrer i Älvsborg. Svenskene, med den franske hærføreren Claude Collart vendte seg mot Norge og inntok og holdt Trondheims len en kort stund.
Men ble angrepet og omringet av en norsk styrke fra Bergen, ledet av Erik Munk, og måtte overgi seg 22. mai 1564. Svenskene trengte i 1567 langt inn i det sørøstlige Norge som ble sterkt herjet og brannskattet, bl.a. Hamar domkirke.
Befolkningen langs begge sider av grensen hadde inngått avtale om bondefred, med fri handel og fritt samkvem, og hadde stor uvilje mot krigen. Det er kanskje ikke så rart, da den bofaste meget sjelden eller aldri har hatt noen fordel av krig verken med naboen eller fjernere herrer.
Erik XIV av Sverige som hadde besteget tronen i 1560, bar på en gryende sinnssykdom og må ta en god del av skylden for krigens gang og utgang. Hans yngre brødre Johan og Karl fikk ham avsatt i januar 1569.
I Danmark hadde Frederik II blitt konge 1559, tok del i Ditmarskens erobring samme år og gikk til krig mot Sverige med stor lyst og lidenskap. Krigen ble en stor skuffelse for ham, ingen av hans forhåpninger gikk i oppfyllelse; Kalmarunionen var steindød og kunne ikke gjenoppstå.
Freden, som ble undertegnet i Stettin 1570, ble likevel en stor diplomatisk seier for Danmark. Sverige måtte betale store løsepenger for Älvsborg, og måtte gi slipp på de besatte områder i Norge.