Middelalderklostrene ble mektige institusjoner og rikdommen bare økte. Klostrene fikk etter hvert rettigheter til all fiske i hele Osloregionen og store deler av Akershus. Der det var ressurser og verdier å hente, var klostrene på plass og krevde retten. De hadde også til slutt eiendomsretten til 90% av gårdene rundt Oslo og Aker. Munkene overtok også etter hvert driften av gårdene i Østre Aker.
Hovedøyaklosteret og Nonneseter kloster ble en av landets største godseiere. Vi vet lite om hvordan klosterets rikdom ble brukt, men vi må
gå ut fra at den minste delen av utbyttet kom klostrene til gode, mens resten har vært brukt for overføring til sosiale formål og til ordener utenfor
landet.
Men enkeltheter om hvordan dette økonomiske systemet virket kjenner vi ikke. Iallfall fikk kirkens organisasjoner en viktig funksjon i forsørgelsen av de fattige.
Etter hvert som kirken og klostrene overtok eiendomsrettigheter overtok de også retten til fiske på de beste fiskeplassene langs fjorden, og i vannene og elvene i innlandet. Fisk inngikk som en viktig del av klostrenes kosthold, så det var derfor viktig å sikre seg fiskeressursene. Ferskvannsfisk må hatt en spesiell betydning for munkene ved Hovedøya kloster, som anla egne fiskedammer utenfor byen ved det nåværende Ruseløkka. Antakelig ble det drevet oppdrett av karpefisk i disse dammene.
De fleste gårdene hadde dammer nær husene, de gjorde tjeneste som drikkevann for dyrene og som brannberedskap, og noen gårder på Stovner hadde karuss i disse dammene. Karuss er en karpefisk som er særlig utbredt i Sør- og Mellom Europa. Det kan spekuleres i om det var munkene som innførte karussen hit da de selv drev med settefiskanlegg.
Overtakelse av gårdene foregikk på flere måter, ofte ved salg av avlatsbrev da de avholdt sjelemesse for døende bønder, eller overtakelse av gårder mot å gi opphold og forpleining (føderåd), for de som ble for skrøpelige til å drive gården. Men det er også sannsynlig at de overtok gårder etter pant for forfalte lån.
Det var vel ikke først og fremst begjær etter gård og grunn som fikk kirken til å overta så mange eiendommer. Kirken hadde mange folk i sitt brød, den hadde en stab med kanniker og prester, men de måtte også for å kunne administrere alle sine interesser ha hjelp av skrive- og regnskapskyndig personell, og de måtte ha dyktige håndverkere for å bygge og vedlikeholde kirker og andre eiendommer. Og for å beskytte bispen måtte bispegården ha sin egen livgarde (krigshær).
I Europa var det vanlig for rettroende å kjøpe avlat for å slippe unna skjærsilden. Kirken kunne gi en angrende og botferdig synder forlatelse for synden mot visse fromme gjerninger. I senmiddelalderen forekom det atskillig misbruk av avlat, da det ble solgt avlatsbrev uten at kravet om anger og bot ble tatt særlig høytidelig.
Dette var også en direkte årsak til Martin Luthers 95 teser som han festet på kirkedøren i Wittenberg, og reformasjonen som fulgte etter. Det er ikke kjent at det var så mye avlatshandel i Norge. Det er mer sannsynlig at folk i Norge testamenterte til kirken for å sikre seg at det ble lest sjelemesser for dem etter ens død, for å be for vedkommendes frelse fra skjærsilden.
Biskopen i Oslo Eystein Aslakson fikk i slutten av år 1390 laget en fortegnelse over alt kirkegods i Oslo bispedømme, som i dag ofte blir omtalt som Biskop Eysteins jordebok. Av denne fortegnelsen fremkommer det at kirken allerede da eide en vesentlig del av de eksisterende gårdene på Stovner.
På slutten av 1500-tallet er de fleste gårdene oppført som eiendom til Hovedøya eller Nonneseter kloster. Det må derfor antas at munkene på Hovedøya også hadde en vesentlig påvirkning på utviklingen og driften av gårdene også i Stovnerbygda.