Det danske formynderstyret markerte sin motvilje mot å gi Norge noen særfordeler ved å instituere en praksis som ble fulgt i alle år seinere. At når det ble skrevet ut ekstraskatt, ble den gjort gjeldende i både Danmark og Norge. I tillegg ble det i Norge mer enn i Danmark krevd inn øremerkede særskatter, særlig bygningsskatten til Akershus. Dessuten sørget den danske adelen for langt større skattefritak i Danmark enn i Norge i 1640-50-åra.
Endelig ble tollen også trappet kraftig opp i Norge, mens det bare i moderat grad skjedde i Danmark. Årsaken var at det danske riksrådet hadde sikret seg vetorett mot tollforhøyelser når det gjaldt den danske landbrukseksporten, mens det ikke hadde noen innvendinger mot tollforhøyelser som rammet norske eksportprodukter.
Riksrådets interesse- og ansvarsløshet når det gjaldt Norge etter 1625 var særlig merkbar i åra før Torstenssonfeiden 1643-45, da det uttrykte sterk bekymring over nederlendernes irritasjon over forhøyelsene av Øresundtollen, Men Riksrådet ytret seg ikke om den parallelle nederlandske opprørtheten over den skyhøye tollen på norsk trelast.
Nederlendernes sinne over Christian IV's tollpolitikk førte til at de støttet Sverige i Torstenssonfeiden, og resultatet var at Jemtland, Härjedalen, Särna og Idre gikk tapt for Norge. Også dette var utslag av at det danske riksrådet nå opptrådte mer som et uavhengig statsorgan i forhold til kongen. Og det definerte sin oppgave slik at det skulle forsvare danske interesser, derfor presset det på for at landavståelsene i 1645 skulle skje fra Norge, ikke fra Danmark.