Statens makt hadde nå økt og betydningen av kongens funksjon hadde nå blitt mye større. Men samtidig hadde kirken og geistligheten blitt en stor og mektig samfunnsgruppe som førte sin egen målbevisste linje. Den norske kirke ville danne en fast enhet som ikke var underordnet kongen, og som ville ha direkte tilknytting til Paven i Roma.
Men skulle kirken ha mulighet til å sikre sin åndelige innflytelse, politiske makt og sin økonomiske posisjon måtte det være fred i landet. Og det
måtte være stor forståelse mellom kirken og kongen, så skulle det bli fred i landet måtte tronfølgen ordnes med entydige lover, slik at det ikke var tvil om hvem
tronarvingen skulle være.
Etter et samspill mellom Jarl Erling Skakke og kirkens ledere ble Erlings fem år gamle sønn Magnus tatt til konge i år 1161. Hans mor var en datter av Sigurd Jorsalfar så de anså at Magnus var av kongeslekt.
Men den som i realiteten var den regjerende sjefen, var Erling Skakke som regjerte i kongebarnets navn. Ved en allianse mellom kirken og den verdslige staten som ble forseglet i år 1163-64, ble Magnus Erlingsson ble kronet til konge og kirken fikk store rettigheter.
Men det kom etter hvert klarere frem at det utkrystalliserte seg to partier i Norge, et kongeparti som birkebeinerne samlet seg om, og et bispeparti (baglerne) ledet av bispen Nikolas Arnesson (1145-1225). Han ledet baglerflokken i striden mot kong Sverre, men underkastet seg Håkon Håkonsson i år 1217.
Kongen ville nok samarbeide med kirkelederne, men han ville egentlig også stå over kirken. Men kirken ville ikke ha noen innblanding i sine saker, og mente da også at det var kirken som sto over kongen. Denne motsetningen fikk godgjøre seg under kong Sverres regjeringstid (1184-1202), som forløp med hyppige feider og kriger.
Kong Sverre søkte stadig til klosteret på Hovedøya hver gang han var på raid i Oslo hvor han også bestandig måtte vente seg kamp på livet med baglerflokken under ledelse av Oslobispen Nikolas Arnesson. Da bisp Nikolas fikk vite at kong Sverre hadde en skatt på Hovedøya, dro bispen ut og fikk tak i denne skatten som var gjemt i en av ytterveggene på klosteret. Den 24. juli 1197 kom kong Sverre igjen seilende inn Oslofjorden med sine langskip, og lot skipene legge til ved Hovedøya. Kong Sverre var nå lyst i bann av paven, men det lot ikke til å være noe hinder for at han til tross for bannlysning fikk lov å overvære gudstjenesten i klosteret dagen etter.
Inne i byen ventet baglerhæren sammen med bisp Nikolas. Bispen holdt en tale til hæren sin og oppildnet dem til det slaget som måtte komme. Bispen pekte ut mot langskipene og gjorde et stort poeng av at de var så få. Han minnet dem også om at paven hadde lyst birkebeinerne i bann, og at disse birkebeinerne var så bannlyste at sverdene deres ikke ville bite på noen av de av bispens menn som la seg ut i kamp. Men langskipene med kong Sverre og birkebeinerne la ut fra Hovedøya og styrte mot bryggene uten hensyn til de skipene som allerede lå ved kai, og som regelrett ble rent senk.
De ble møtt med et voldsomt pilregn fra baglerne, men birkebeinerne kjempet seg frem over hindrene og bar kongsmerket inn på brygga hvor det ble en hard strid mann mot mann. Til tross for bisp Nikolas tidligere forsikringer, så gjorde birkebeinernes sverd stor skade i baglerflokken, og kong Sverre var snart oppe ved Marterstokken.
Bisp Nikolas som satt til hest sammen med noen av sine prester litt bortenfor, måtte erkjenne at han var slått, og ropte til de nærmeste at de måtte ri unna så fort de kunne, for nå var djevelen løs. Og bort red Nikolas også, og stanset ikke før han kom til Gjelleråsen, der han ventet på resten av sin slagne hær. Etter en hvil dro de videre nordover i landet mot Nidaros, men noe senere måtte bisp Nikolas flykte videre Danmark.
Kong Sverre og hans menn lot være å følge etter, og dro igjen ut til Hovedøya med sitt krigsbytte hvor de på en voll på sørsiden av øya delte byttet mellom seg. Sverre må ha følt seg trygg på Hovedøya, for han ble der i nesten seks uker. Vinteren i år 1202 kjempet kong Sverre sin siste kamp da han beleiret baglerne på Slottsfjellet i Tønsberg. Kong Sverre fikk til slutt overtalt baglerhøvdingen Reidar Sendemann til å overgi seg og slutte seg til ham, derved var beleiringen og striden over og hele følget dro over mot Vestlandet. Og på vei til Bergen ble kong Sverre syk og døde.
Men munkene i klosteret på Hovedøya hadde satt seg ut over pavens påbud. Først hadde de latt kong Sverre gjemme en skatt i klosteret, senere hadde de latt kongen overvære en gudstjeneste til tross for bannlysning av kongen, og til overmål hadde de huset en bannlyst person og hans følge i mange uker.
Dette fikk store følger for klosteret i det cistencienserorden inndrog klosterets privilegier i år 1200. Men etter at striden mellom birkebeinerne (Sverres parti), og baglerne blusset opp igjen i år 1204, skiftet klosteret parti og fikk tilbake sine tidligere privilegier.