I år 1511 trengte den beryktede danske abbed Mathias seg inn i Hovedøya kloster. Abbed Mathias hadde drevet et kloster i Sorø på konkursens rand, og så nå store muligheter i å kunne trekke veksler på Hovedøya klosters store rikdommer. Hva som egentlig forgikk i de fjorten årene han hersket på Hovedøya er ikke kjent, men det må ha vært en god porsjon dramatikk, for i år 1525 tok biskop Hans Rev og jaget abbed Mathias fra øya.
Klosteret ble offer for den danske tronstriden mellom kongene Kristian II og Fredrik I som sto i mot hverandre. I år 1525 hadde kong Fredrik I sendt mester Hans Anderssen til Hovedøya med brev om at Norges riksråd skulle anerkjenne ham som Hovedøyaklosterets abbed.
Hans ble anerkjent som abbed, men hvorfor abbed Hans senere tok parti for kong Kristian II er det ingen som vet. Det er mulig at det allerede da hadde kommet til uenighet mellom abbed Hans og biskop Hans Rev. Det gjorde heller ikke saken bedre at kong Frederiks høvedsmann på Akershus festning Mogens Gyldenstjerne setter over til Hovedøya kloster og tar så mye proviant som han og hans menn greier å frakte med seg, som skulle gå til forsvarerne av byen mot kong Kristian II.
Abbed Hans betraktet denne handlingen som et grovt ran, og tok et klart standpunkt for kong Kristian II. Men dette standpunktet skulle få skjebnesvangre konsekvenser for klosteret. For kong Kristian II følte sin stilling usikker i Norge, og sluttet fred med Mogens Gyldenstjerne før kongen igjen forlot landet. Søndag kveld den 21. januar 1532, gikk Mogens Gyldenstjerne til angrep på klosteret med sine menn, tok abbed Hans til fange og røvet klosteret før de satte fyr på klosterbygningene.
Første gang en hører om klosteret etter raseringen er i år 1539, syv år senere. Hovedøya lå da under Lille Ladegård på Ladegårdsøen. Det året skal Claus Mauritssøn ha forpaktet øya mot å gi abbeden og alle munkene underhold. Dette må forstås slik at det fremdeles bodde munker på øya etter plyndringen.
Klosteret var tydeligvis ikke jevnet med jorden og munkene kan ha bygget mange bygninger helt eller delvis opp igjen. Men fra da av forsvinner munkene fra Hovedøya uten at noen vet hvordan det har skjedd, men reformasjonen hadde nok en vesentlig innvirkning. Etter reformasjonen i år 1536 fikk eiendommene til den katolske kirke en noe forskjellig skjebne. Alle eiendommer som tilhørte bispen ble straks overtatt av kronen, og kronens suverene representant i Oslo, var kommandanten på Akershus festning.
Hovedøyas klostergods hadde kronen overtatt noen år tidligere i år 1532. Mariakirkens og Nonneseters gods ble foreløpig særskilte forvaltninger frem til 1600-tallet. Det eldste odelsmanntallet som skriver seg fra år 1615 forteller at det året bare fantes tre bønder i Aker som eide den jorden de brukte.
Men jordbruk ble det fortsatt drevet på Hovedøya og mange bønder i Aker var fortsatt leilendinger på gårdene, men nå under kronen som var representert ved lensherren på Akershus slott. Bøndene må ha hatt en form for arbeidsplikt på Hovedøya for i år 1585 så klager bøndene i Aker over at de måtte slå engene og rake høy på Hovedøya, og denne klagen ble gjentatt i år 1645.
Leilendingsbøndene ble underlagt lensherren på Akershus slott, og ble også pålagt byggearbeider på slottet. De ble fritatt for eksersis men bøndene følte seg dårlig behandlet, og gjorde opprør mot slottsarbeidet. Men bøndene må allikevel ha blitt bedre behandlet under kirken og kronen, enn under private eiere, for i år 1670 klaget bøndene over den dårlige behandling de ble utsatt for fra de private eierne. Kongen bestemte på grunn av klagene at bygslingskontrakten skulle gjelde hele levetiden, og det ble forbudt å heve bygselsavgiften, landsskylden og omfanget av pliktarbeidet.